Première partie : Du Raisonnement expérimental
Chapitre I : De l'observation et de l'expérience
II – Acquérir de l'expérience et s'appuyer sur l'observation est autre chose que faire des expériences et faire des observations
III – De l'investigateur ; de la recherche scientifique
IV – De l'observateur et de l'expérimentateur ; des sciences d'observation et d'expérimentation
V – L'expérience n'est au fond qu'une observation provoquée
VI – Dans le raisonnement expérimental, l'expérimentateur ne se sépare pas de l'observateur
Chapitre II : De l'idée a priori et du doute dans le raisonnement expérimental
II – L'intuition ou le sentiment engendre l'idée expérimentale
III – L'expérimentateur doit douter, fuir les idées fixes et garder toujours sa liberté d'esprit
IV – Caractère indépendant de la méthode expérimentale
V – De l'induction et de la déduction dans le raisonnement expérimental
VI – Du doute dans le raisonnement expérimental
Deuxième partie : De l'expérimentation chez les êtres vivants
Chapitre I : Considérations expérimentales communes aux êtres vivants et aux corps bruts
II – Les manifestations des propriétés des corps vivants sont liées à l'existence de certains phénomènes physico-chimiques qui en règlent l'apparition
III – Les phénomènes physiologiques des organismes supérieurs se passent dans des milieux organiques intérieurs perfectionnés et doués de propriétés physico-chimiques constantes
IV – Le but de l'expérimentation est le même dans l'étude des phénomènes des corps vivants et dans l'étude des phénomènes des corps bruts
V – Il y a un déterminisme absolu dans les conditions d'existence des phénomènes naturels, aussi bien dans les corps vivants que dans les corps bruts
VI – Pour arriver au déterminisme des phénomènes dans les sciences biologiques comme dans les sciences physico-chimiques, il faut ramener les phénomènes à des conditions expérimentales définies et aussi simples que possible
VII – Dans les corps vivants de même que dans les corps bruts, les phénomènes, ont toujours une double condition d'existence
VIII – Dans les sciences biologiques comme dans les sciences physico-chimiques, le déterminisme est possible, parce que, dans les corps vivants comme dans les corps bruts, la matière ne peut avoir aucune spontanéité
IX – La limite de nos connaissances est la même dans les phénomènes des corps vivants et dans les phénomènes des corps bruts
X – Dans les sciences des corps vivants, comme dans celles des corps bruts, l'expérimentateur ne crée rien ; il ne fait qu'obéir aux lois de la nature
Chapitre II : Considérations expérimentales spéciales aux êtres vivants
II – De la pratique expérimentale sur les êtres vivants
IV – De l'anatomie normale dans ses rapports avec la vivisection
V – De l'anatomie pathologique et des sections cadavériques dans leurs rapports avec la vivisection
VI – De la diversité des animaux soumis à l'expérimentation ; de la variabilité des conditions organiques dans lesquelles ils s'offrent à l'expérimentateur
VII – Du choix des animaux ; de l'utilité que l'on peut tirer pour la médecine des expériences faites sur les diverses espèces animales
VIII – De la comparaison des animaux et de l'expérimentation comparative
IX – De l'emploi du calcul dans l'étude des phénomènes des êtres vivants ; des moyennes et de la statistique
X – Du laboratoire du physiologiste et de divers moyens nécessaires à l'étude de la médecine expérimentale
Troisième partie : Applications de la méthode expérimentale à l'étude des phénomènes de la vie
Chapitre I : Exemples d'investigation expérimentale physiologique
II – Une recherche expérimentale a pour point de départ une hypothèse ou une théorie
Chapitre II : Exemple de critique expérimentale physiologique
II – Le principe du déterminisme repousse de la science les faits indéterminés ou irrationnels
III. Le principe du déterminisme exige que les faits soient comparativement déterminés
IV – La critique expérimentale ne doit porter que sur des faits et jamais sur des mots
Chapitre III : De l'investigation et de la critique appliquées à la médecine expérimentale
II – De la critique expérimentale pathologique et thérapeutique
Chapitre IV : Des obstacles philosophiques que rencontre la médecine expérimentale
II – L'ignorance scientifique et certaines illusions de l'esprit médical sont un obstacle au développement de la médecine expérimentale
III – La médecine empirique et la médecine expérimentale ne sont point incompatibles ; elles doivent être au contraire inséparables l'une de l'autre
IV – La médecine expérimentale ne répond à aucune doctrine médicale ni à aucun système philosophique