S'agissant d'un corpus à caractère scientifique et conceptuel et surtout historique, nombre de termes employés par Claude Bernard requièrent une définition voire une explication permettant au lecteur de comprendre et de situer à chaque fois ce dont il est question. Ce travail de définition et d'explication des textes se fait principalement autour de termes spécialisés, repérés après lecture et en fonction de leur contexte d'extraction. Ces termes ont des statuts cognitifs et épistémologiques qui vont varier. Ils sont donc distribués dans deux listes selon qu'ils appartiennent :

1. au lexique général des sciences naturelles et médicales (et le cas échéant, à d'autres domaines de connaissance). Ces termes reçoivent une définition courte, cernant le sens d'usage généraliste peu ou pas surdéterminé par le contexte d'extraction. Ainsi, se constituera un réseau de termes utiles pour la compréhension d'autres textes comportant ces vocables. Ce réseau englobe également les termes relevant d'un usage personnel de Claude Bernard et les termes en usage à son époque même s'ils sont aujourd'hui désuets. Par convention, nous appelons "glossaire" cette liste de termes ;
2. au vocabulaire spécifique des grandes notions rectrices qui orientent les prises de position théoriques et méthodologiques des textes en question. La variabilité sémantique de ces notions implique un traitement plus en profondeur, la prise en compte du contexte historique, l'explicitation détaillée des variations de sens qui en rendent l'usage souvent délicat. Par convention, nous appelons ces termes "notions" en raison de leur portée épistémologique ou métascientifique.

    À la différence des termes du glossaire, lesquels désignent des emplois bien établis en science ou des concepts stables, les notions correspondent tantôt à des connaissances générales ("l'anatomie", "la déduction", "l'hypothèse") voire intuitives ("le hasard", "le doute", "l'idée préconçue") tantôt à des idées, des contenus de connaissance ou des éléments-repères de la réflexion ("la méthode expérimentale", "la physiologie", "la preuve expérimentale, "les propriétés physico-chimiques", etc.). Les notions jalonnent donc la construction du discours de connaissance et la réflexion à chaque fois, sur un champ. Invoquées de manière plus ou moins régulière, à mesure que le texte progresse, les notions ont le statut de mots-clés indexant des domaines cognitifs ; elles témoignent d'étapes d'une pensée en cours et sont historiquement précieuses en cela.

    Tous les termes que nous retenons à ces divers titres, sont extraits des ouvrages du corpus, et non pas arrêtés a priori. Mais les définitions (glossaire) ou les "explicitations" (notions) renferment également des mots qui demandent un traitement combinant ces deux catégories de termes. Cette opportunité est offerte à l' "hyperlecteur", qui au fil de sa démarche de lecture et d'apprentissage "par l'action", peut donc se construire un parcours de mise en relation entre ces deux catalogues lexicaux et les textes-sources.